聚合酶链反应实验室设计的核心问题是如何避免污染。在实际工作中，常见有以下几种污染类型:扩增产物污染；天然基因组DNA的污染；试剂和样品之间的污染。一旦污染发生，必须停止实验，直到找到污染源，实验结果必须无效，实验需要重新进行。因此，污染发生后在实验室左右寻找污染源不仅费时费力，而且浪费人力物力。因此，避免污染，预防，而不是消除，应该是第一步。

(1)严格划分工作区域

合理设置各实验区域；每个实验区都应有明显的标志(如醒目的门牌号码或不同的底色等)。)以避免混淆设备项目和试剂等。在不同的实验区域。

(2)合理的系统设置

合理的空调通风系统设置，尽量使用全供气全排气的空调系统。严格的气流压力控制确保了不同实验区域的不同压力要求。

(3)标准化操作

扩增试验技术人员实验室必须经过在职培训，培训合格后方可从事临床基因扩增试验；在实验操作过程中，操作者必须戴手套并经常更换。此外，在操作中使用一次性盖子也是防止污染的有效措施。清洁是及时和正确的。实验结束后，必须立即清理该区域。除了用常规消毒液擦拭消毒表面或用紫外线灯照射消毒外，一些实验设备还应进行高压消毒。

(4)严格管理

严格控制人员进出实验室。与实验无关的人员不得随意进出实验室，并在一定条件下设置独立的进出整个实验区的通道和门。尽量减少实验区不必要的行走，以减少交叉污染的可能性；扩增产物分析区域是扩增产物污染的主要来源。废液不能倾倒在实验室中。必须用消毒剂浸泡消毒，并从实验室处丢弃。一次性材料，如用过的吸头，也应该用消毒剂浸泡消毒，然后均匀处理，如焚烧。扩增产物分析区域可能使用一些诱变和有毒物质，应特别注意实验室人员的安全保护。

(5)完成实验室配套设施

完成实验室配套设施是保证实验工作的必要条件。根据实验室各自不同的实验内容，配备相应的设备和仪器，如超净台面、离心机和进样器。