一般按气流流型来分，还可按使用用途和主要控制对象来分。

1、洁净室按气流流型分类可分为单向流洁净室、非单向流洁净室、混合流洁净室和矢流洁净室。

2、洁净室按用途和主要控制对象分类可分为工业洁净室、生物洁净室和生物安全实验室。

生物安全实验室是研究对人、动物、环境等有害感染性的微生物、病菌、病毒等的特殊环境条件，因此生物安全实验室必须作到绝对安全，不仅要保护实验研究对象，使实验得到真实可靠的实验数据和结果，而更重要的是保护实验操作人员和周围的环境，使实验人员和周围环境都能得到可靠的安全保障。根据世界卫生组织（WHO）的标准，可将感染微生物的危险度等级依它们的危险程度不同划分为4个不同的级别。而且不同危险度等级的生物安全实验室也要有相对应的生物安全水平。